Daugiagrūdė duona ruošiama iš vienos ar kelių grūdų rūšių. Be kitų grūdų naudojami miežiai, linas, soros, kviečiai ir nesijoti kvietiniai miltai. Ruošiant kai kurių rūšių duoną naudojamos valgomos sėklos, tokios kaip sėmenys, bolivinės balandos, moliūgo ar saulėgrąžų sėklos. Gali būti kepama net ir septynių ar devynių grūdų duona. Ruošiant daugiagrūdę duoną naudojami sveiki, neapdoroti grūdai.
Rupi arba nesijotų miltų duona – tai duona, pagaminta iš viso grūdo kvietinių miltų (žr. nesijoti kvietiniai miltai ir visas grūdas).